Le condizioni ecologiche e le bellezze naturali, fanno dei fondali della Riserva Naturale Marina delle Isole Egadi un paradiso per i subacquei, dove è possibile immergersi in numerosi punti e con diversi livelli di difficoltà. Il mare della Riserva Naturale Marina delle Isole Egadi presenta una gran varietà di ambienti dovuti all’influenza di numerosi e differenti fattori quali: i venti, la natura geologica dei substrati, le condizioni idrodinamiche e la morfologia dei fondali, che ne fanno uno tra i più puliti, limpidi e ricco di specie del Mediterraneo. Le rocce più compatte di Levanzo e Marettimo favoriscono l’insediamento entro i 30-40 metri di profondità della vegetazione fotofila (amante della luce) come per esempio Cystoseira sp., mentre il substrato facilmente erodibile di Favignana fornisce un ottimo sedimento per l’insediamento e la crescita delle angiosperme marine (Posidonia oceanica, Cymodocea sp.). La Cystoseira è un’alga bruna che abbonda in alcune zone in prossimità della superficie e, soprattutto, in fondali con scarsa pendenza. Nei primi metri di profondità, dove è assente la Cystoseira, sono presenti delle alghe tipiche degli ambienti ben illuminati come la Padina pavonica e l’Acetabularia acetabulum, con la sua caratteristica forma ad ombrellino. Dai primi metri di profondità, ma in ambienti meno illuminati, è possibile ammirare le spugne incrostanti, numerose colonie di antozoi come Astroides calycularis e Parazoanthus axinellae, riconoscibili, rispettivamente, per i polipi rossi e gialli, e il falso corallo (Myriapora truncata). In questa fascia di mare vivono numerose specie di pesci come lo scorfano (Scorpaena porcus), la donzella (Coris julis) e numerosi altri labridi. La prateria a Posidonia oceanica occupa la maggior parte dei fondali antistanti la costa trapanese e forma addirittura una copertura continua tra Favignana e Levanzo. Essa costituisce un vero e proprio ecosistema, estendendosi da una profondità di 3-4 metri fino ad oltre i 25 metri, ma nel tratto di mare meno profondo, caratterizzato da substrati duri, spesso si alterna a biocenosi fotofile di substrato duro costituendo le aree nelle quali si rileva la maggiore varietà e diversità di organismi. La prateria a Posidonia rappresenta un habitat idoneo per la riproduzione di numerosissime specie di organismi che vi trovano riparo e nutrimento. Le foglie costituiscono l’alimento di alcuni animali erbivori come il riccio (Paracentrotus lividus) e la salpa (Sarpa salpa), mentre altri organismi si nutrono di batteri e piccole alghe che crescono sulle foglie della Posidonia. Gli organismi erbivori sono alimento per i carnivori rappresentati da piccoli pesci quali la castagnola (Chromis chromis), lo sciarrano (Serranus scriba), il sarago sparaglione (Diplodus annularis) e cefalopodi come la seppia (Sepia officinalis), che a loro volta sono predati da specie più grandi quali lo scorfano (Scorpaena porcus), il sarago (Diplodus sargus) e il polpo (Octopus vulgaris). Le foglie morte della Posidonia, cibo per gli animali detritivori come l’oloturia (Holoturia tubulosa), vengono degradate da batteri e funghi trasformandole in sostanza organica e sali, alimento per gli organismi filtratori quali lo spirografo (Spirographis spallanzani). Oltre 30-40 metri di profondità, l’ambiente è semibuio e la superficie delle rocce è ricoperta da organismi incrostanti e da coloratissime gorgonie rosse (Paramuricea clavata) e gialle (Eunicella cavolinii). A queste profondità, tra le fessure delle rocce, trovano un ambiente ideale l’aragosta (Palinurus elephas), la cernia (Epinephelus marginatus), il gronco (Conger conger) e la murena (Muraena helena).