I fatti che avvennero in tempi assai remoti non si conoscono. Nell’Odissea (libro IX), Omero fa approdare Ulisse nell'isola delle capre (Aegades) e descrive i caratteri naturali dell'isola con tale chiarezza che la somiglianza all'isola attuale riesce perfetta. Si ritiene che i primi abitatori della Sicilia furono i Feaci (marinai) e i Lestrìgoni (agricoltori) venuti dall'Epiro via mare. Essi abitarono a Favignana probabilmente in caverne delle quali si ha traccia in prossimità di S. Nicola. Favignana, che i Greci chiamarono Aegusa ed in epoca medievale prese l'attuale nome dal vento Favonio, assomiglia ad una grande farfalla venuta a posarsi placidamente sulle acque del Mediterraneo. Acque che ancora evocano vicende di storia e di mito, che celano nella loro profondità i segreti di antiche battaglie, come la terribile Battaglia delle Egadi del 241 a.C. combattuta a cala Rossa fra Romani e Cartaginesi; acque ancora pregne delle voci, dei canti, delle grida delle genti di mare impegnate in mille e mille "mattanze", l'antica e tradizionale pesca del tonno appresa dagli Arabi. Per la sua straordinaria posizione geografica è stata testimone di grandi eventi storici e di grandi leggende. Base strategica di incontestato valore per i popoli che si contendevano il predominio del mare. I Fenici si insediarono qui quasi subito nel lato nord-orientale dell'isola (Cala S. Nicola). Del villaggio restano tracce di un cospiquo insediamento con grotte di abitazione, grotte di uso sacro e tombe. Un'altra passeggiata piena di spunti è quella archeologica. Non sarà difficile trovare una guida locale. Nella zona est dell'Isola si insedierano le prime tribù paleolitiche, ne restano tracce nelle grotte vicino la cala S. Nicola che dovette essere per secoli il porto dell'Isola. Nei pressi si scorgono i resti di una specie di piscina di epoca romana, denominata "il bagno delle donne", scavata nella roccia calcarea che riceveva acqua dal mare mediante un condotto sotteraneo. Nel lato ovest dell'Isola, su monte S. Caterina, alle spalle del Faraglione si apre la grotta più interessante e più suggestiva, è quella delle Uccerie o delle Stalattiti. Vi si accede da uno strettissimo cunicolo e si scende in una vasta caverna sotteranea dove milioni anni hanno ricamato un'imponente cattedrale di Stalattiti. Sul versante nord-est della montagna sono di notevole interesse i graffiti di alcune iscrizioni puniche, accopagnate da raffigurazioni di pesci, della grotta del Pozzo e della grotta della Ficarra, le quali succesivamente diventarono luoghi di culto cristiano; ne sono testimonianza i graffiti rappresentanti la croce, rinvenuti in ambedue le grotte. Per gli amanti di questo tipo di escursione è indispensabile una visita a Levanzo, la più piccola delle Egadi. Attorno al I secolo d.C. le piccole comunità delle Egadi godettero di una relativa tranquillità. Mentre la Sicilia si romanizzava, quel poco risalente a quell'epoca che si è rinvenuto nelle isole Egadi fa supporre che ci fossero solo piccoli stanziamenti di presidio. Marettimo in particolare fu sicuramente presidio di Roma. Ancora oggi il pianoro sovrastante il paese si chiama "Case Romane" e conserva i resti di un vasto edificio ad opus reticulatum, dal quale si domina tutto il mare a levante dell'isola fino alla costa sicula; ancora non se ne conoscono l'uso, probabilmente difensivo, né l'epoca esatta, ipotizzata fra il I secolo a.C. e il II d.C. I collegamento tra le isole egadi sono continui, quindi è possibile in qualunque momento della giornata organizzare la gita. Nella grotta-santuario detta del "Genovese" si potranno ammirare i rari graffiti di epoca paleolitica e neolitica, testimoni di una comunità dedita alla caccia e già allora alla pesca del tonno (vedi Mattanza). Sono raffigurate anche danze tribali simboli di rituali magici. Per gli amanti di questo tipo di escursione è indispensabile una visita a Levanzo (vedia pagina di Levanzo), la più piccola delle Egadi. I collegamento tra le isole egadi sono continui, quindi è possibile in qualunque momento della giornata organizzare la gita. Nella grotta-santuario detta del "Genovese" si potranno ammirare i rari graffiti di epoca paleolitica e neolitica, testimoni di una comunità dedita alla caccia e già allora alla pesca del tonno. Sono raffigurate anche danze tribali simboli di rituali magici.